Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	YOR008W-B	YOR008W-B	102 nt		4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	VPS69	YPR087W	321 nt		4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	MPH2	YDL247W	1830 nt		4.58	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	PMT5	YDL093W	2232 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	FAA3	YIL009W	2085 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	TDA7	YNL176C	1911 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	BUD13	YGL174W	801 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	tQ(UUG)C	tQ(UUG)C	72 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	tQ(UUG)D1	tQ(UUG)D1	72 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	tQ(UUG)D2	tQ(UUG)D2	72 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	tQ(UUG)D3	tQ(UUG)D3	72 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	MTM1	YGR257C	1101 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	tQ(UUG)E1	tQ(UUG)E1	72 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	tQ(UUG)H	tQ(UUG)H	72 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	tQ(UUG)L	tQ(UUG)L	72 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	SFK1	YKL051W	1062 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YMR075C-A	YMR075C-A	366 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	MET16	YPR167C	786 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	SEO1	YAL067C	1782 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	CNA1	YLR433C	1662 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	EAR1	YMR171C	1653 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	SPC105	YGL093W	2754 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	CLF1	YLR117C	2064 nt		4.57	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	GPR1	YDL035C	2886 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	ZRC1	YMR243C	1329 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	RNY1	YPL123C	1305 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	DOS2	YDR068W	933 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	NPY1	YGL067W	1155 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	FUR1	YHR128W	651 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	IGO2	YHR132W-A	396 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YHR212W-A	YHR212W-A	204 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YIL171W	YIL171W	330 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	GMH1	YKR030W	822 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YAR061W	YAR061W	204 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	HEK2	YBL032W	1146 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YDR444W	YDR444W	2064 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	CRT10	YOL063C	2874 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	TMN2	YDR107C	2019 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	ATH1	YPR026W	3636 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	SIR1	YKR101W	1965 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	FPK1	YNR047W	2682 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	APC1	YNL172W	5247 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	LDB17	YDL146W	1476 nt		4.56	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	PRR2	YDL214C	2100 nt		4.55	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	SEC2	YNL272C	2280 nt		4.55	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	PER1	YCR044C	1074 nt		4.55	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	snR7-S	snR7-S	179 nt		4.55	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	COS7	YDL248W	1152 nt		4.55	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	PHO92	YDR374C	921 nt		4.55	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YFL041W-A	YFL041W-A	192 nt		4.55	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	COS5	YJR161C	1152 nt		4.55	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	EMG1	YLR186W	759 nt		4.55	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	GPI2	YPL076W	843 nt		4.55	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	RAD16	YBR114W	2373 nt		4.55	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	TCM62	YBR044C	1719 nt		4.55	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	IRC6	YFR043C	714 nt		4.54	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YGR122W	YGR122W	1209 nt		4.54	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	CDA2	YLR308W	939 nt		4.54	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	EOS1	YNL080C	1101 nt		4.54	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YDC1	YPL087W	954 nt		4.54	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	NAT3	YPR131C	588 nt		4.54	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YSA1	YBR111C	696 nt		4.54	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	ARC40	YBR234C	1155 nt		4.54	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	IMA3	YIL172C	1770 nt		4.54	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	IMA4	YJL221C	1770 nt		4.54	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	MCM2	YBL023C	2607 nt		4.54	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	MCM4	YPR019W	2802 nt		4.54	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YDR098C-A	YDR098C-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YDR210C-C	YDR210C-C	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YDR261C-C	YDR261C-C	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YDR316W-A	YDR316W-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YDR365W-A	YDR365W-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YER137C-A	YER137C-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YER159C-A	YER159C-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YGR027W-A	YGR027W-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YGR038C-A	YGR038C-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YGR161C-C	YGR161C-C	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	VHS2	YIL135C	1311 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YJR026W	YJR026W	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YJR028W	YJR028W	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YAR010C	YAR010C	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YLR157C-A	YLR157C-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YLR227W-A	YLR227W-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YLR256W-A	YLR256W-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YML040W	YML040W	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YML045W-A	YML045W-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YMR051C	YMR051C	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YNL054W-A	YNL054W-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YOL103W-A	YOL103W-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YPL257W-A	YPL257W-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YPR137C-A	YPR137C-A	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YPR158C-C	YPR158C-C	1323 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	BOP2	YLR267W	1713 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	COS4	YFL062W	1140 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	YHR032C-A	YHR032C-A	120 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	SPC3	YLR066W	555 nt		4.53	□□□□□ -1.68
SHP1	P34223	LAS1	YKR063C	1509 nt		4.52	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	RAD7	YJR052W	1698 nt		4.52	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YDR056C	YDR056C	618 nt		4.52	□□□□□ -1.69
SHP1	P34223	YER085C	YER085C	522 nt		4.52	□□□□□ -1.69

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