Protein–RNA interactions for Protein: Q53GD3

SLC44A4, Choline transporter-like protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 710 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC44A4Q53GD3 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SLC44A4Q53GD3 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SLC44A4Q53GD3 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 99.1 ms