Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc3Q9D6Y1 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Ccdc3Q9D6Y1 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Ccdc3Q9D6Y1 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc3Q9D6Y1 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc3Q9D6Y1 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc3Q9D6Y1 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc3Q9D6Y1 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc3Q9D6Y1 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc3Q9D6Y1 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc3Q9D6Y1 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc3Q9D6Y1 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc3Q9D6Y1 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc3Q9D6Y1 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc3Q9D6Y1 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Ccdc3Q9D6Y1 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc3Q9D6Y1 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Ccdc3Q9D6Y1 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
Ccdc3Q9D6Y1 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc3Q9D6Y1 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Ccdc3Q9D6Y1 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc3Q9D6Y1 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Ccdc3Q9D6Y1 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
Ccdc3Q9D6Y1 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Ccdc3Q9D6Y1 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Ccdc3Q9D6Y1 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc3Q9D6Y1 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc3Q9D6Y1 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc3Q9D6Y1 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc3Q9D6Y1 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc3Q9D6Y1 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc3Q9D6Y1 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
Ccdc3Q9D6Y1 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Ccdc3Q9D6Y1 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Ccdc3Q9D6Y1 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Ccdc3Q9D6Y1 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc3Q9D6Y1 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc3Q9D6Y1 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Ccdc3Q9D6Y1 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Ccdc3Q9D6Y1 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Ccdc3Q9D6Y1 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Ccdc3Q9D6Y1 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Ccdc3Q9D6Y1 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc3Q9D6Y1 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc3Q9D6Y1 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
Ccdc3Q9D6Y1 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Ccdc3Q9D6Y1 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Ccdc3Q9D6Y1 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Ccdc3Q9D6Y1 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Ccdc3Q9D6Y1 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc3Q9D6Y1 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc3Q9D6Y1 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc3Q9D6Y1 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc3Q9D6Y1 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc3Q9D6Y1 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc3Q9D6Y1 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc3Q9D6Y1 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Ccdc3Q9D6Y1 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc3Q9D6Y1 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc3Q9D6Y1 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc3Q9D6Y1 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc3Q9D6Y1 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc3Q9D6Y1 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc3Q9D6Y1 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc3Q9D6Y1 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc3Q9D6Y1 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
Ccdc3Q9D6Y1 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Ccdc3Q9D6Y1 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Ccdc3Q9D6Y1 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Ccdc3Q9D6Y1 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc3Q9D6Y1 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc3Q9D6Y1 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc3Q9D6Y1 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc3Q9D6Y1 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc3Q9D6Y1 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc3Q9D6Y1 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc3Q9D6Y1 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc3Q9D6Y1 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc3Q9D6Y1 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc3Q9D6Y1 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc3Q9D6Y1 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc3Q9D6Y1 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc3Q9D6Y1 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.6 ms