Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
ShhQ62226 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
ShhQ62226 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
ShhQ62226 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
ShhQ62226 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
ShhQ62226 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
ShhQ62226 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
ShhQ62226 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ShhQ62226 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ShhQ62226 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
ShhQ62226 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
ShhQ62226 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
ShhQ62226 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
ShhQ62226 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
ShhQ62226 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
ShhQ62226 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ShhQ62226 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
ShhQ62226 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
ShhQ62226 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
ShhQ62226 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ShhQ62226 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ShhQ62226 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
ShhQ62226 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
ShhQ62226 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
ShhQ62226 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
ShhQ62226 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
ShhQ62226 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
ShhQ62226 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
ShhQ62226 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
ShhQ62226 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
ShhQ62226 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
ShhQ62226 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
ShhQ62226 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
ShhQ62226 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
ShhQ62226 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
ShhQ62226 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
ShhQ62226 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
ShhQ62226 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
ShhQ62226 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
ShhQ62226 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
ShhQ62226 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
ShhQ62226 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
ShhQ62226 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
ShhQ62226 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
ShhQ62226 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
ShhQ62226 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
ShhQ62226 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
ShhQ62226 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
ShhQ62226 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
ShhQ62226 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
ShhQ62226 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
ShhQ62226 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
ShhQ62226 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
ShhQ62226 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
ShhQ62226 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
ShhQ62226 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
ShhQ62226 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
ShhQ62226 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
ShhQ62226 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
ShhQ62226 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
ShhQ62226 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
ShhQ62226 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
ShhQ62226 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
ShhQ62226 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
ShhQ62226 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
ShhQ62226 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
ShhQ62226 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ShhQ62226 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ShhQ62226 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
ShhQ62226 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
ShhQ62226 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ShhQ62226 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ShhQ62226 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ShhQ62226 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
ShhQ62226 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
ShhQ62226 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
ShhQ62226 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
ShhQ62226 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
ShhQ62226 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
ShhQ62226 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
ShhQ62226 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
ShhQ62226 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
ShhQ62226 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
ShhQ62226 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
ShhQ62226 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
ShhQ62226 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
ShhQ62226 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
ShhQ62226 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
ShhQ62226 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
ShhQ62226 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
ShhQ62226 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
ShhQ62226 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
ShhQ62226 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
ShhQ62226 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
ShhQ62226 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
ShhQ62226 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ShhQ62226 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
ShhQ62226 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
ShhQ62226 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
ShhQ62226 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 9.7 ms