Protein–RNA interactions for Protein: O88609

Lmx1b, LIM homeobox transcription factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 395 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1bO88609 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Lmx1bO88609 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Lmx1bO88609 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Lmx1bO88609 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Lmx1bO88609 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Lmx1bO88609 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
Lmx1bO88609 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Lmx1bO88609 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Lmx1bO88609 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Lmx1bO88609 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Lmx1bO88609 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Lmx1bO88609 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Lmx1bO88609 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Lmx1bO88609 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
Lmx1bO88609 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Lmx1bO88609 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Lmx1bO88609 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Lmx1bO88609 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Lmx1bO88609 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Lmx1bO88609 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
Lmx1bO88609 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Lmx1bO88609 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Lmx1bO88609 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Lmx1bO88609 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Lmx1bO88609 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Lmx1bO88609 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Lmx1bO88609 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Lmx1bO88609 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Lmx1bO88609 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Lmx1bO88609 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Lmx1bO88609 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Lmx1bO88609 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Lmx1bO88609 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Lmx1bO88609 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Lmx1bO88609 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Lmx1bO88609 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Lmx1bO88609 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Lmx1bO88609 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Lmx1bO88609 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Lmx1bO88609 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Lmx1bO88609 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Lmx1bO88609 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Lmx1bO88609 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Lmx1bO88609 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Lmx1bO88609 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Lmx1bO88609 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Lmx1bO88609 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Lmx1bO88609 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Lmx1bO88609 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Lmx1bO88609 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Lmx1bO88609 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Lmx1bO88609 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Lmx1bO88609 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Lmx1bO88609 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
Lmx1bO88609 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Lmx1bO88609 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Lmx1bO88609 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Lmx1bO88609 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Lmx1bO88609 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Lmx1bO88609 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Lmx1bO88609 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Lmx1bO88609 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
Lmx1bO88609 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Lmx1bO88609 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Lmx1bO88609 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Lmx1bO88609 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Lmx1bO88609 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Lmx1bO88609 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Lmx1bO88609 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Lmx1bO88609 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Lmx1bO88609 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Lmx1bO88609 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
Lmx1bO88609 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Lmx1bO88609 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Lmx1bO88609 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Lmx1bO88609 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Lmx1bO88609 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Lmx1bO88609 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Lmx1bO88609 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Lmx1bO88609 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Lmx1bO88609 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Lmx1bO88609 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Lmx1bO88609 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Lmx1bO88609 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Lmx1bO88609 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Lmx1bO88609 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Lmx1bO88609 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Lmx1bO88609 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Lmx1bO88609 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Lmx1bO88609 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Lmx1bO88609 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
Lmx1bO88609 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Lmx1bO88609 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Lmx1bO88609 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Lmx1bO88609 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
Lmx1bO88609 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Lmx1bO88609 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Lmx1bO88609 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Lmx1bO88609 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Lmx1bO88609 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 9.8 ms