Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
UPF3AQ9H1J1 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
UPF3AQ9H1J1 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.5 ms