Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC27.29■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
SCN4AP35499 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC27.23■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC27.21■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC27.2■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
SCN4AP35499 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14 ms