Protein–RNA interactions for Protein: Q8NB14

USP38, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 38, humanhuman

Predictions only

Length 1,042 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP38Q8NB14 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
USP38Q8NB14 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP38Q8NB14 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
USP38Q8NB14 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP38Q8NB14 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP38Q8NB14 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP38Q8NB14 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.6 ms