Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 C11orf16-202ENST00000525780 1685 ntTSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 FAM84B-201ENST00000304916 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TCHH-202ENST00000614923 6995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RSBN1-201ENST00000261441 6621 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 BAG4-201ENST00000287322 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ZNF815P-201ENST00000421890 1352 ntTSL 2 BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 KIF3C-201ENST00000264712 5344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 FAM153A-220ENST00000513554 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 KCNT1-211ENST00000491806 3678 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 FKBP5-203ENST00000539068 3827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 MYOC-201ENST00000037502 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 EPB41L3-206ENST00000544123 3972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 DLEU2-201ENST00000235290 1739 ntTSL 5 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 C9orf24-201ENST00000297623 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 KRTAP21-2-201ENST00000333892 440 ntAPPRIS P1 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CSH2-201ENST00000336844 1173 ntTSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 NCR3-201ENST00000340027 1042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CSH2-202ENST00000345366 598 ntTSL 5 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 C9orf24-205ENST00000379133 712 ntTSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AL662890.1-201ENST00000396818 632 ntBASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 NDUFAB1P1-201ENST00000404262 460 ntBASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 MIR663B-201ENST00000408361 115 ntBASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SEPT7P2-209ENST00000450436 601 ntTSL 4 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 BX284668.4-201ENST00000453917 508 ntBASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC129492.3-201ENST00000498285 460 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC078852.2-201ENST00000504748 527 ntTSL 5 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SPAG5-AS1-203ENST00000554154 491 ntTSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RPL28-208ENST00000559463 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC025810.1-201ENST00000569986 981 ntTSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RN7SL190P-201ENST00000582519 257 ntBASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PPY2P-201ENST00000582808 702 ntBASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PPY2P-202ENST00000583761 657 ntTSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC007663.3-201ENST00000609632 465 ntBASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SCP2-217ENST00000640998 1101 ntTSL 5 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 USP25-201ENST00000285679 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AATBC-203ENST00000448247 1889 ntTSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AP000593.2-201ENST00000542775 1433 ntBASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 KRT8P4-201ENST00000509735 1454 ntBASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CDCP2-201ENST00000371330 2723 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 LMX1B-202ENST00000373474 5797 ntTSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PGA5-201ENST00000312403 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ZFY-201ENST00000155093 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TP53INP2-201ENST00000374809 4018 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 MBD1-209ENST00000398495 2178 ntTSL 5 BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 GCC1-201ENST00000321407 4149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TK1-201ENST00000301634 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SAMD4A-202ENST00000392067 6833 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 INHBA-203ENST00000442711 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 USP36-201ENST00000312010 5234 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SETD1B-203ENST00000604567 5969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SALL4P5-201ENST00000419001 1760 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ATP2A3-204ENST00000397035 4182 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.9 ms