Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 RUFY1-204ENST00000437570 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 INHBE-201ENST00000266646 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TBC1D8-202ENST00000409318 3803 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MFNG-202ENST00000416983 2034 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ACTL7A-201ENST00000333999 1494 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TNFSF11-201ENST00000239849 911 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 GON7-201ENST00000306954 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TTPAL-203ENST00000372906 1139 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SPIN2B-203ENST00000374910 725 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 IZUMO1R-202ENST00000440961 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC011481.2-201ENST00000585408 426 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AP005264.1-201ENST00000586226 733 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC010335.1-201ENST00000594590 599 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ETV2-207ENST00000619399 994 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC138466.5-201ENST00000624002 808 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MAP2K3-202ENST00000342679 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC082651.4-201ENST00000483023 1852 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 GTF3C2-214ENST00000622534 1858 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ZIM2-AS1-201ENST00000595954 2129 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AL353803.2-201ENST00000436510 1846 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 KCP-208ENST00000620378 4515 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 HHEX-202ENST00000472590 1605 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LINC02021-201ENST00000504808 1608 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 CRYBB3-201ENST00000215855 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 NPFF-201ENST00000267017 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AURKB-201ENST00000316199 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 CTNNBIP1-201ENST00000377256 451 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MIR645-201ENST00000385283 94 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 HIGD1A-203ENST00000430190 741 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AL138731.1-201ENST00000452624 739 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 DPY19L2P5-201ENST00000456300 331 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TXNRD2-206ENST00000462330 1129 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC024293.1-201ENST00000467930 498 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 RPL18AP8-201ENST00000486071 528 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 RNA5SP417-201ENST00000516459 108 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TMEM14C-205ENST00000541412 1177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 HERC2P11-201ENST00000562845 725 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC100756.2-201ENST00000569537 736 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SRRM2-205ENST00000570971 1132 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC093567.1-201ENST00000590649 877 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 DBP-202ENST00000593500 712 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AL591471.1-201ENST00000621855 229 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC148477.9-201ENST00000623974 539 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ALDH4A1-205ENST00000538309 1940 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MRGPRX4-201ENST00000314254 1444 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TOM1L2-205ENST00000478943 2098 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 UBL4B-201ENST00000334179 1478 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 VAMP2-202ENST00000404970 1479 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 AC026992.2-202ENST00000565312 1934 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC87Q9NVE4 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms