Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 IGF2-201ENST00000381389 1023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC073869.2-201ENST00000417338 1026 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AL606748.1-201ENST00000423919 655 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC013448.2-201ENST00000440341 787 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC004837.1-201ENST00000446267 564 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC006455.8-201ENST00000451381 351 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC138701.2-201ENST00000553634 226 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MAFTRR-203ENST00000567993 685 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC104961.2-201ENST00000578129 663 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 RN7SL596P-201ENST00000582123 288 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AP001527.2-201ENST00000614441 631 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PDYN-AS1-201ENST00000446562 1802 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TUBA3C-202ENST00000618094 1386 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LINC02537-201ENST00000635943 1367 ntTSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC068987.4-201ENST00000562343 2094 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 RELL1-201ENST00000314117 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PPP1R1B-202ENST00000394265 1419 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LINC01815-202ENST00000641468 1409 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LCMT1-202ENST00000380966 989 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MAPK3-204ENST00000395200 997 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AL357563.1-201ENST00000404728 395 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 GUSBP10-201ENST00000417412 665 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 BCAS2P2-201ENST00000425064 674 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 POLR2H-203ENST00000430783 1159 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AL512306.1-201ENST00000432698 848 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PSMD4P1-201ENST00000433951 1109 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 FAU-202ENST00000434372 533 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC061961.1-201ENST00000443901 432 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 OR2T27-202ENST00000460972 1136 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC233724.6-201ENST00000503184 1088 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC107463.1-201ENST00000508605 667 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 CD164-210ENST00000512821 964 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TMBIM4-208ENST00000542724 770 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 FAM104A-204ENST00000580032 451 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC011500.3-201ENST00000594676 647 ntTSL 4 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 HIST1H3F-201ENST00000618052 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LINC00963-203ENST00000423918 1654 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 CDK5RAP3-201ENST00000338399 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 EFHC1-227ENST00000637089 2133 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 METTL17-201ENST00000339374 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC109466.1-209ENST00000486913 1618 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PCCB-215ENST00000482086 1436 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LINC00905-203ENST00000588838 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SLC6A9-207ENST00000475075 1881 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PORCN-204ENST00000361988 1672 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 EDNRB-204ENST00000626030 1571 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 U2AF1L4-201ENST00000292879 729 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PDCD5-202ENST00000379316 154 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 INS-IGF2-202ENST00000397270 828 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LINC01868-201ENST00000414965 562 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC092580.1-201ENST00000433998 658 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AREG-202ENST00000502307 956 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AL355916.2-201ENST00000556543 593 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 DNM1P51-201ENST00000558149 522 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PDCD5-208ENST00000592786 468 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 RPL18A-204ENST00000599898 491 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MAGEA2-203ENST00000611557 2024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PRPF18-202ENST00000378572 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LINC00339-208ENST00000634934 1518 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms