Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 TTC28-AS1_3.1-201ENST00000615579 181 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 XKR9-203ENST00000520030 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ARIH2-205ENST00000449376 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 VAMP2-202ENST00000404970 1479 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 MYBPHL-201ENST00000357155 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 FTX-216ENST00000638985 1367 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 NCBP2-206ENST00000447325 2216 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 HFE-201ENST00000309234 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PPIA-201ENST00000355968 818 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.4-201ENST00000366232 298 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 MBD3L4-201ENST00000381394 775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AL357373.1-201ENST00000394974 322 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC016757.1-202ENST00000409376 892 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 RPL18AP8-201ENST00000486071 528 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PPIA-208ENST00000489459 907 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC093826.1-201ENST00000508655 993 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AL365275.1-201ENST00000518570 471 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 JKAMP-207ENST00000554271 2137 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 KRT8P1-201ENST00000557533 1207 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC006548.2-201ENST00000605217 529 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PPIA-210ENST00000620047 827 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 LINC01746-201ENST00000621390 449 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ACE-202ENST00000290866 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 OXA1L-212ENST00000604262 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 DLK1-201ENST00000331224 1324 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CCL18-201ENST00000616054 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ODF2L-204ENST00000370566 2155 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ASB15-207ENST00000540573 1651 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 FAM3B-201ENST00000357985 1088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 LCE2C-201ENST00000368783 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AL935212.1-201ENST00000377548 906 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 GNRH2-204ENST00000380347 758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC093673.1-201ENST00000429630 648 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC135782.2-201ENST00000562040 472 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC009145.4-201ENST00000625119 1294 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SLC12A5-219ENST00000628272 401 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CSAG3-203ENST00000638835 793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CSAG2-204ENST00000640702 793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 NDUFB11-202ENST00000377811 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 KCTD6-202ENST00000404589 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 KCNN3-202ENST00000358505 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 IL1RAP-209ENST00000422940 1957 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.4 ms