Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	SFT2	YBL102W	648 nt		5.25	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	MAL11	YGR289C	1851 nt		5.25	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	YMR102C	YMR102C	2505 nt		5.25	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	WTM1	YOR230W	1314 nt		5.24	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	ERG7	YHR072W	2196 nt		5.24	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	AIR2	YDL175C	1035 nt		5.24	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	PIC2	YER053C	903 nt		5.24	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	MMS2	YGL087C	414 nt		5.24	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	MRPL25	YGR076C	474 nt		5.24	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	GTO1	YGR154C	1071 nt		5.24	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	URE2	YNL229C	1065 nt		5.24	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	ZPS1	YOL154W	750 nt		5.24	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	MKC7	YDR144C	1791 nt		5.24	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	MKS1	YNL076W	1755 nt		5.24	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	PCL10	YGL134W	1302 nt		5.23	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	URA7	YBL039C	1740 nt		5.23	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	VAM7	YGL212W	951 nt		5.23	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	DBR1	YKL149C	1218 nt		5.23	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	SPS19	YNL202W	879 nt		5.23	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	YBL081W	YBL081W	1107 nt		5.23	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	YOL035C	YOL035C	303 nt		5.23	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	MET31	YPL038W	534 nt		5.23	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	SUE1	YPR151C	621 nt		5.23	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	UTP9	YHR196W	1728 nt		5.23	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	AAP1	YHR047C	2571 nt		5.22	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	ARF2	YDL137W	546 nt		5.22	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	ENT5	YDR153C	1236 nt		5.22	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	CIA2	YHR122W	696 nt		5.22	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	YKL223W	YKL223W	333 nt		5.22	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	SAP30	YMR263W	606 nt		5.22	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	PCL1	YNL289W	840 nt		5.22	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	EMW1	YNL313C	2715 nt		5.22	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	RIM101	YHL027W	1878 nt		5.22	□□□□□ -1.57
SHP1	P34223	FUM1	YPL262W	1467 nt		5.21	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	SPR6	YER115C	576 nt		5.21	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YHR095W	YHR095W	495 nt		5.21	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YMR135W-A	YMR135W-A	534 nt		5.21	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YMR245W	YMR245W	621 nt		5.21	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	RPC19	YNL113W	429 nt		5.21	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YNL217W	YNL217W	981 nt		5.21	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	NPT1	YOR209C	1290 nt		5.21	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	UMP1	YBR173C	447 nt		5.21	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YPS7	YDR349C	1791 nt		5.21	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	DIT2	YDR402C	1470 nt		5.2	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	ASN1	YPR145W	1719 nt		5.2	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	CEG1	YGL130W	1380 nt		5.2	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	SSY5	YJL156C	2100 nt		5.2	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YFR052C-A	YFR052C-A	306 nt		5.2	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	DBP8	YHR169W	1296 nt		5.2	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	TLG2	YOL018C	1194 nt		5.2	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	SET5	YHR207C	1581 nt		5.2	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	SLT2	YHR030C	1455 nt		5.2	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	BNA6	YFR047C	888 nt		5.19	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YNK1	YKL067W	462 nt		5.19	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YLR364C-A	YLR364C-A	123 nt		5.19	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	AIM41	YOR215C	558 nt		5.19	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	ECM23	YPL021W	564 nt		5.19	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YPR169W-A	YPR169W-A	219 nt		5.19	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YPR170W-B	YPR170W-B	258 nt		5.19	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	MAG2	YLR427W	2013 nt		5.19	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	RKM4	YDR257C	1485 nt		5.19	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	RRP3	YHR065C	1506 nt		5.18	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	ALD3	YMR169C	1521 nt		5.18	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	ALD2	YMR170C	1521 nt		5.18	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	SPC34	YKR037C	888 nt		5.18	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YKR075C	YKR075C	924 nt		5.18	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	CLD1	YGR110W	1338 nt		5.18	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	ASA1	YPR085C	1332 nt		5.18	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	NOP58	YOR310C	1536 nt		5.18	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	SYG1	YIL047C	2709 nt		5.17	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YLH47	YPR125W	1365 nt		5.17	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	SPO77	YLR341W	1434 nt		5.17	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	HST4	YDR191W	1113 nt		5.17	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	AAD6	YFL056C	639 nt		5.17	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YBL010C	YBL010C	843 nt		5.17	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	RGS2	YOR107W	930 nt		5.17	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	PEX32	YBR168W	1242 nt		5.17	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	SYP1	YCR030C	2613 nt		5.17	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	IMG2	YCR071C	441 nt		5.16	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	MRF1	YGL143C	1242 nt		5.16	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	TRX2	YGR209C	315 nt		5.16	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	PHO86	YJL117W	936 nt		5.16	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	TAF4	YMR005W	1167 nt		5.16	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YNL108C	YNL108C	813 nt		5.16	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	SLZ1	YNL196C	897 nt		5.16	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YNR068C	YNR068C	819 nt		5.16	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	TRS33	YOR115C	807 nt		5.16	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	REI1	YBR267W	1182 nt		5.16	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	AVO1	YOL078W	3531 nt		5.16	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	AZR1	YGR224W	1842 nt		5.16	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	HAP1	YLR256W	4509 nt		5.15	□□□□□ -1.58
SHP1	P34223	YDR417C	YDR417C	372 nt		5.15	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	YGL118C	YGL118C	438 nt		5.15	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	RAI1	YGL246C	1164 nt		5.15	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	YGR153W	YGR153W	654 nt		5.15	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	TYS1	YGR185C	1185 nt		5.15	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	MAD2	YJL030W	591 nt		5.15	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	YBL006W-A	YBL006W-A	150 nt		5.15	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	HXT14	YNL318C	1623 nt		5.15	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	BIT2	YBR270C	1638 nt		5.15	□□□□□ -1.59

Retrieved 100 of 7,029 protein–RNA pairs in 14 ms