Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
VAMP4O75379 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
VAMP4O75379 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC29.38■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms