Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQQ7

RTP3, Receptor-transporting protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTP3Q9BQQ7 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
RTP3Q9BQQ7 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
RTP3Q9BQQ7 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.1 ms