Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PDZK1IP1-201ENST00000294338 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 BAK1P1-201ENST00000317045 636 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MBP-201ENST00000354542 575 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PPDPF-202ENST00000370179 868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CRIP3-202ENST00000372569 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PCBP3-201ENST00000400304 1086 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AL357563.1-201ENST00000404728 395 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 HIST2H2BA-201ENST00000412169 381 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 BANF1P3-201ENST00000412556 261 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AL391361.3-201ENST00000420601 379 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 FAU-202ENST00000434372 533 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 IZUMO1R-202ENST00000440961 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PCBP3-208ENST00000449640 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 DUTP3-201ENST00000450025 415 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AP000696.1-201ENST00000457669 1133 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 KLF3-AS1-204ENST00000505240 567 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC026410.1-201ENST00000507366 1101 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 C8orf31-207ENST00000524181 1199 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PPFIBP1-204ENST00000535047 875 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SDHAF2-206ENST00000542074 835 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PPCDC-205ENST00000563393 1149 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PPCDC-208ENST00000567336 892 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC107464.3-201ENST00000609172 737 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 HIST1H4I-201ENST00000615353 1294 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 KLF3-AS1-207ENST00000620339 558 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ARL16-215ENST00000622299 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 FH-201ENST00000366560 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ASCC2-201ENST00000307790 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 APBB3-205ENST00000412920 1455 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SLC35G5-201ENST00000382435 1321 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AL024498.2-201ENST00000480294 1589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CYP4F23P-201ENST00000593402 1579 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 BX284668.5-201ENST00000422124 406 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AL139241.1-201ENST00000433374 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 RPSAP15-201ENST00000448168 861 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC096649.1-201ENST00000449168 497 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC007319.1-201ENST00000453517 802 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PGAP2-212ENST00000464906 1259 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 RN7SL81P-201ENST00000493781 261 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MRPL22P1-201ENST00000505398 616 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ALG3P1-201ENST00000508806 1114 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC012645.2-201ENST00000566190 553 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC040162.4-201ENST00000574912 1185 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MIR5196-201ENST00000578146 115 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MIR3188-201ENST00000583494 85 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 RPS10-207ENST00000621356 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CMC2-224ENST00000630396 481 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TUBB4B-201ENST00000340384 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TAGLN3-201ENST00000273368 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 KRT18P9-201ENST00000604826 1300 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SGCE-204ENST00000428696 1409 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 KRT8P31-201ENST00000504812 1408 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 GON7-201ENST00000306954 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TTPAL-203ENST00000372906 1139 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC005392.1-201ENST00000419624 500 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AL807761.2-201ENST00000422849 729 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 BCAS2P2-201ENST00000425064 674 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CLNS1A-211ENST00000532069 898 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 POLD4-208ENST00000532830 904 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MRPL49-209ENST00000534078 518 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PAX4-207ENST00000611453 1235 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC244250.3-201ENST00000620749 366 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 100.5 ms