Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AL157813.1-201ENST00000612996 587 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 WT1-AS_6.1-201ENST00000614919 121 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SLC35G2-201ENST00000393079 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC4-204ENST00000396709 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CKMT1B-201ENST00000300283 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CKMT1A-204ENST00000434505 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 OR6A2-201ENST00000332601 1373 ntAPPRIS P1 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ERGIC3-203ENST00000357394 1357 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 OTUD6A-201ENST00000338352 1689 ntAPPRIS P1 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 OR2K2-202ENST00000374428 1038 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-49-201ENST00000390625 439 ntAPPRIS P1 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AL606491.1-201ENST00000412797 483 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AL391119.1-201ENST00000416563 271 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AL157407.1-201ENST00000435784 904 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC135178.1-201ENST00000458568 537 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TVP23C-205ENST00000518321 1080 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC084346.1-201ENST00000520962 528 ntTSL 4 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AP001160.1-201ENST00000535817 565 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 FKBP11-212ENST00000552878 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 STUB1-204ENST00000564370 875 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AIPL1-211ENST00000576776 1190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 IMPA2-207ENST00000588927 787 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC061992.1-201ENST00000592569 777 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ACP7-202ENST00000594229 1149 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC051619.9-201ENST00000623237 597 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC009084.3-201ENST00000623356 437 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 DLEU2-201ENST00000235290 1739 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP25-216ENST00000497079 1843 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 CRB3-201ENST00000308243 631 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AL627231.1-201ENST00000394467 1125 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 RPL3-202ENST00000401609 1289 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 PFN2-206ENST00000461930 606 ntTSL 4 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 RN7SL258P-201ENST00000478664 300 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 NAPSB-201ENST00000525179 678 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 UBE3B-206ENST00000536398 1120 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 GFER-204ENST00000567719 483 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC079336.4-201ENST00000584219 408 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 BX088702.1-201ENST00000610784 235 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 MEG3_2.1-201ENST00000611456 105 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 ROPN1-211ENST00000620893 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC007718.1-201ENST00000621078 280 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 CHIA-204ENST00000369740 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 OXNAD1-202ENST00000435829 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 INHBA-203ENST00000442711 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 REM1-201ENST00000201979 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 METTL17-221ENST00000556670 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 ZCCHC17-204ENST00000546109 1705 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC87Q9NVE4 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.5 ms