Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 GALNT16-202ENST00000448469 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 KCNJ2-202ENST00000535240 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 KREMEN1-201ENST00000327813 2719 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ZNF334-202ENST00000457685 3487 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RNF135-202ENST00000328381 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MARK3-202ENST00000303622 3283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TMEM139-201ENST00000359333 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DDX59-206ENST00000447706 2900 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 FAM210A-202ENST00000402563 4240 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 OSM-202ENST00000403389 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ROPN1-202ENST00000405845 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 LINC01759-201ENST00000412639 985 ntTSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ACYP1-206ENST00000555694 565 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TSR1-204ENST00000576112 1290 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
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CHD3Q12873 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
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CHD3Q12873 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TMEM143-203ENST00000435956 2272 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 BOLA3-201ENST00000295326 444 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CALR4P-201ENST00000431943 946 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MIR3615-201ENST00000581999 87 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 THAP4-206ENST00000612200 969 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TEX264-205ENST00000416589 1313 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 EDN3-201ENST00000311585 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SGK1-205ENST00000413996 2686 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DLGAP1-214ENST00000539435 2402 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AGER-203ENST00000375065 665 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC13.17□□□□□ -0.3
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