Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CLN3Q13286 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CLN3Q13286 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CLN3Q13286 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
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