Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 CYB561D1-201ENST00000310611 5009 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 GPR17-202ENST00000393018 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AC017104.1-201ENST00000415129 720 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AC006003.1-201ENST00000448541 613 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AC004471.1-201ENST00000456035 582 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 TBC1D16-203ENST00000570373 961 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 DMAC2-204ENST00000438807 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 ANXA8L1-208ENST00000622769 1861 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 TCF7-218ENST00000520958 1408 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 TMC6-216ENST00000590602 5268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 TEX29-201ENST00000283547 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 LSM10-201ENST00000315732 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 C9orf24-203ENST00000379126 496 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AC053503.1-201ENST00000429882 519 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 DGUOK-AS1-202ENST00000439192 563 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 NEU3-202ENST00000526068 431 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AC012322.1-201ENST00000561657 861 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AC012645.3-203ENST00000567153 520 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 ECM1P1-201ENST00000604092 1279 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 HGNC:18790-202ENST00000421177 4172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HDDC3Q8N4P3 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.1 ms