Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 MSI2-206ENST00000579180 1635 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 WDR6-222ENST00000615452 1949 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 SLC25A38-201ENST00000273158 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 MEGF10-202ENST00000418761 2238 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 TTC22-202ENST00000371276 3345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 RB1CC1-201ENST00000025008 6635 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 ATP5F1-202ENST00000369722 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 AC114490.1-201ENST00000417456 3163 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 SERPINA3-203ENST00000467132 2660 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 GLIDR-202ENST00000625350 2588 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 EXOC6B-209ENST00000634650 2583 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 DIAPH2-204ENST00000373054 3376 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 KRBOX4-202ENST00000344302 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 HGNC:18790-203ENST00000433139 2254 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 PLEKHN1-203ENST00000379410 2404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 ALOX15-202ENST00000570836 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 CC2D1B-202ENST00000371586 5642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 VANGL2-201ENST00000368061 5340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 POLR3D-202ENST00000397802 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 AL162457.1-201ENST00000317652 2000 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 KIAA1211-201ENST00000264229 4109 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
SHMT2P34897 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.7 ms