Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 MRPL34-201ENST00000252602 968 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 VSIG2-201ENST00000326621 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 MB-205ENST00000406324 582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 GULP1-204ENST00000409637 1242 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC012506.3-201ENST00000415245 892 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TMEM107-203ENST00000431792 455 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC129492.3-201ENST00000498285 460 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AP001790.1-201ENST00000511947 570 ntTSL 4 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 ANAPC15-214ENST00000543587 883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 LGALS3BP-202ENST00000585407 936 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 EEF1DP1-201ENST00000585891 896 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TUBB3-215ENST00000625617 570 ntTSL 4 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 TOM1L1-201ENST00000348161 1895 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CSH2-201ENST00000336844 1173 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CSH2-202ENST00000345366 598 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CLIC1-206ENST00000375779 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 OSM-202ENST00000403389 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 MEMO1-204ENST00000407893 682 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AL451065.1-201ENST00000428958 238 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AC068473.4-201ENST00000587527 585 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CYGB-203ENST00000589145 788 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ACTG1P22-201ENST00000603793 1099 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 PCMTD2-207ENST00000609372 1321 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 PURB-201ENST00000395699 9069 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AL365199.1-201ENST00000421320 1714 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 HSFX2-201ENST00000598963 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMD1Q9UGP4 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.4 ms