Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 WDR45-230ENST00000634559 1192 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 HEBP2-202ENST00000448741 661 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC068228.2-201ENST00000522383 777 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 HGNC:24955-201ENST00000303177 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 KLF2P2-201ENST00000416807 1039 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms