Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MYL3-202ENST00000395869 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 TMEM177-203ENST00000409951 1216 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC111170.1-201ENST00000591110 1132 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 TBC1D3J-201ENST00000620719 1426 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 UQCRQ-203ENST00000378670 839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 RPL13AP19-201ENST00000434320 584 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC084346.1-201ENST00000520962 528 ntTSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 EEF1D-218ENST00000526838 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC073573.1-201ENST00000550908 481 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC009065.3-201ENST00000562027 627 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 NR2F2-AS1-215ENST00000620029 1223 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 SMTNL1-202ENST00000527972 1649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AMT-239ENST00000636865 1914 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 KIAA1614-AS1-201ENST00000415647 1440 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 EVA1A-204ENST00000410071 777 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AL606491.1-201ENST00000412797 483 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 LIMS1-206ENST00000414829 439 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 LIMS3-205ENST00000487150 782 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 LINC01848-201ENST00000523446 518 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC135983.4-201ENST00000564116 1262 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AIPL1-211ENST00000576776 1190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AL645941.3-201ENST00000580587 577 ntTSL 4 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 GHRHR-212ENST00000611037 923 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC234782.2-201ENST00000614615 1240 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 ARV1-201ENST00000310256 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 TOB1-AS1-201ENST00000416263 1351 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUX1P39880 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 OR9I1-201ENST00000302610 945 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 VPS29-201ENST00000360579 1091 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AL391119.1-201ENST00000416563 271 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC114501.1-201ENST00000445949 172 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC012507.1-201ENST00000454890 600 ntTSL 4 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC022858.1-201ENST00000521685 685 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 NEU3-205ENST00000531619 582 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 ASB3-202ENST00000394717 1734 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CAP2P1-201ENST00000557743 1390 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUX1P39880 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 RN7SL67P-201ENST00000492147 296 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CTBP2P4-201ENST00000513884 920 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 PARD6G-AS1-205ENST00000589574 647 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC011466.3-201ENST00000596563 852 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC007718.1-201ENST00000621078 280 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC024941.2-201ENST00000625763 493 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 GLIDR-205ENST00000640674 884 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 NAP1L6-202ENST00000641404 1222 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 HIGD1A-202ENST00000418900 1322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 FOXO4-201ENST00000341558 1353 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CUX1P39880 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
CUX1P39880 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
CUX1P39880 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
CUX1P39880 FAM45A-201ENST00000361432 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CUX1P39880 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CUX1P39880 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
CUX1P39880 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms