Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLCO4C1-201ENST00000310954 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 LINC01759-201ENST00000412639 985 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 BNIP3P42-201ENST00000454982 569 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 BNIP3P29-201ENST00000598302 571 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC011447.5-201ENST00000616168 564 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SEMA4F-210ENST00000611975 6007 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-206ENST00000539237 5686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PSMC5-209ENST00000580864 1552 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 GCFC2-201ENST00000321027 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLC35E2B-203ENST00000611123 5948 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 LBX2-201ENST00000341396 886 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SYNE2-228ENST00000639659 1290 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TNS2-201ENST00000314250 5010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 FBXO41-201ENST00000295133 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TACR3-201ENST00000304883 5190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CAMKK2-201ENST00000324774 5598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC027601.1-201ENST00000575922 4506 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms