Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AL360270.3-201ENST00000609118 1348 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 IFITM5-201ENST00000382614 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AL662890.1-201ENST00000396818 632 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AL157392.3-216ENST00000437446 462 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC010745.3-201ENST00000439745 415 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC004898.1-201ENST00000451057 766 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 HOMER2P2-201ENST00000451621 847 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SPATA24-205ENST00000509959 641 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 RERG-205ENST00000537647 935 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC005865.1-202ENST00000543036 641 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC022903.1-201ENST00000579327 469 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 GAL-201ENST00000265643 818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SH3BGR-201ENST00000333634 1251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 IP6K2-202ENST00000340879 1185 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 FAM8A4P-201ENST00000435433 1213 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 DVL1-202ENST00000378891 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 FZR1-201ENST00000313639 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 RGS10-202ENST00000369103 804 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 MIR33B-201ENST00000385104 96 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AL157392.1-201ENST00000412388 373 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PRKG1-AS1-201ENST00000420193 971 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC079178.1-201ENST00000420915 656 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 NCK2-206ENST00000522586 490 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 FXYD6-217ENST00000584394 669 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 LINC00479-204ENST00000589300 718 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC008743.1-201ENST00000596350 813 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC244452.3-201ENST00000636814 210 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TMEM256-201ENST00000302422 486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 DYDC1-201ENST00000372202 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 TREM2-203ENST00000373122 1012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
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