Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AL513303.2-201ENST00000413339 536 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CRK-201ENST00000300574 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 EYA4-205ENST00000430974 2364 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 DMTN-206ENST00000443491 2415 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 MARVELD1-201ENST00000285605 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 EPS8L2-223ENST00000533256 3266 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ZNF138-201ENST00000307355 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 OR2C3-201ENST00000366487 8467 ntAPPRIS P1 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 BCAR1-202ENST00000393420 2667 ntTSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 RN7SL752P-201ENST00000463779 287 ntBASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 C19orf24-202ENST00000469144 668 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 OMP-201ENST00000529803 492 ntAPPRIS P1 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC13.5□□□□□ -0.25
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