Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 IRF3-223ENST00000599223 1055 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 HMBS-216ENST00000543090 1347 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AATBC-203ENST00000448247 1889 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 GPR17-202ENST00000393018 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 OARD1-212ENST00000482515 832 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AL358473.2-201ENST00000610411 556 ntTSL 4 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 Metazoa_SRP.166-201ENST00000612530 253 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 FDPS-221ENST00000612683 1198 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 RSPO1-204ENST00000615459 2331 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 BOLA3-201ENST00000295326 444 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 DMAC2-202ENST00000301183 1134 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 GNG5-201ENST00000370641 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2AH-201ENST00000377459 387 ntAPPRIS P1 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 C17orf51-202ENST00000412778 877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC053503.1-201ENST00000429882 519 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 Z93015.1-201ENST00000451718 390 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 Z84485.1-202ENST00000499560 1230 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC243967.2-201ENST00000601409 567 ntTSL 4 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 SPATA21-206ENST00000612240 603 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 HILPDA-201ENST00000257696 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ABHD18-206ENST00000611882 1493 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 CENPM-208ENST00000472374 541 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 SEPT7P9-202ENST00000489259 743 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 YIF1A-210ENST00000496746 667 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC084859.1-201ENST00000533002 670 ntTSL 4 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC009133.1-202ENST00000563806 494 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC068473.4-201ENST00000587527 585 ntTSL 4 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC244452.3-201ENST00000636814 210 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ARID1B-222ENST00000637003 1290 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.8 ms