Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 MRPL52-211ENST00000555536 451 ntTSL 3 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 OPA1-208ENST00000392438 6340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SDK1-210ENST00000615806 10258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SMARCA2-203ENST00000349721 5761 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SPEG-201ENST00000312358 10782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 NFATC4-204ENST00000424781 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 PPP2CA-203ENST00000481195 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 RIMS3-202ENST00000372684 7235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 HHEX-203ENST00000492654 808 ntTSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SLIT1-201ENST00000266058 7925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 RUNX1T1-246ENST00000523629 7537 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 THSD4-202ENST00000355327 9200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SPAG9-201ENST00000262013 8273 ntTSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 HELZ2-204ENST00000467148 8064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
HOXD3P31249 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.4 ms