Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
Trim58Q5NCC9 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
Trim58Q5NCC9 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC35.3■■■■□ 3.24
Trim58Q5NCC9 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
Trim58Q5NCC9 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
Trim58Q5NCC9 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
Trim58Q5NCC9 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC35.18■■■■□ 3.22
Trim58Q5NCC9 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
Trim58Q5NCC9 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
Trim58Q5NCC9 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
Trim58Q5NCC9 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC35.07■■■■□ 3.2
Trim58Q5NCC9 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
Trim58Q5NCC9 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
Trim58Q5NCC9 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
Trim58Q5NCC9 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
Trim58Q5NCC9 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.86■■■■□ 3.17
Trim58Q5NCC9 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC34.85■■■■□ 3.17
Trim58Q5NCC9 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC34.84■■■■□ 3.17
Trim58Q5NCC9 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
Trim58Q5NCC9 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.17
Trim58Q5NCC9 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
Trim58Q5NCC9 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC34.81■■■■□ 3.16
Trim58Q5NCC9 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
Trim58Q5NCC9 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
Trim58Q5NCC9 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
Trim58Q5NCC9 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
Trim58Q5NCC9 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC34.67■■■■□ 3.14
Trim58Q5NCC9 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC34.67■■■■□ 3.14
Trim58Q5NCC9 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
Trim58Q5NCC9 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC34.65■■■■□ 3.14
Trim58Q5NCC9 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
Trim58Q5NCC9 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
Trim58Q5NCC9 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC34.62■■■■□ 3.13
Trim58Q5NCC9 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
Trim58Q5NCC9 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
Trim58Q5NCC9 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
Trim58Q5NCC9 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC34.6■■■■□ 3.13
Trim58Q5NCC9 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
Trim58Q5NCC9 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
Trim58Q5NCC9 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
Trim58Q5NCC9 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.54■■■■□ 3.12
Trim58Q5NCC9 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
Trim58Q5NCC9 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
Trim58Q5NCC9 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
Trim58Q5NCC9 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
Trim58Q5NCC9 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
Trim58Q5NCC9 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
Trim58Q5NCC9 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
Trim58Q5NCC9 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
Trim58Q5NCC9 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC34.33■■■■□ 3.09
Trim58Q5NCC9 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
Trim58Q5NCC9 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC34.33■■■■□ 3.09
Trim58Q5NCC9 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
Trim58Q5NCC9 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC34.29■■■■□ 3.08
Trim58Q5NCC9 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
Trim58Q5NCC9 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
Trim58Q5NCC9 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
Trim58Q5NCC9 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
Trim58Q5NCC9 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
Trim58Q5NCC9 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC34.07■■■■□ 3.05
Trim58Q5NCC9 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
Trim58Q5NCC9 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
Trim58Q5NCC9 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
Trim58Q5NCC9 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC34.01■■■■□ 3.03
Trim58Q5NCC9 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.93■■■■□ 3.02
Trim58Q5NCC9 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
Trim58Q5NCC9 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC33.9■■■■□ 3.02
Trim58Q5NCC9 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
Trim58Q5NCC9 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
Trim58Q5NCC9 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC33.87■■■■□ 3.01
Trim58Q5NCC9 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
Trim58Q5NCC9 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
Trim58Q5NCC9 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
Trim58Q5NCC9 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
Trim58Q5NCC9 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC33.76■■■■□ 3
Trim58Q5NCC9 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
Trim58Q5NCC9 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC33.76■■■□□ 2.99
Trim58Q5NCC9 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
Trim58Q5NCC9 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
Trim58Q5NCC9 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.7■■■□□ 2.99
Trim58Q5NCC9 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
Trim58Q5NCC9 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
Trim58Q5NCC9 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
Trim58Q5NCC9 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
Trim58Q5NCC9 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC33.67■■■□□ 2.98
Trim58Q5NCC9 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
Trim58Q5NCC9 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC33.66■■■□□ 2.98
Trim58Q5NCC9 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
Trim58Q5NCC9 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC33.61■■■□□ 2.97
Trim58Q5NCC9 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
Trim58Q5NCC9 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
Trim58Q5NCC9 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
Trim58Q5NCC9 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC33.55■■■□□ 2.96
Trim58Q5NCC9 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
Trim58Q5NCC9 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
Trim58Q5NCC9 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
Trim58Q5NCC9 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC33.48■■■□□ 2.95
Trim58Q5NCC9 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
Trim58Q5NCC9 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.45■■■□□ 2.95
Trim58Q5NCC9 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.42■■■□□ 2.94
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.1 ms