Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,22■■■□□ 2,11
Rnf40Q3U319 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28,19■■■□□ 2,1
Rnf40Q3U319 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,18■■■□□ 2,1
Rnf40Q3U319 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28,15■■■□□ 2,1
Rnf40Q3U319 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC28,07■■■□□ 2,08
Rnf40Q3U319 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC28,06■■■□□ 2,08
Rnf40Q3U319 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,06■■■□□ 2,08
Rnf40Q3U319 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,04■■■□□ 2,08
Rnf40Q3U319 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,03■■■□□ 2,08
Rnf40Q3U319 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28,02■■■□□ 2,08
Rnf40Q3U319 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,02■■■□□ 2,08
Rnf40Q3U319 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC28,02■■■□□ 2,08
Rnf40Q3U319 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,02■■■□□ 2,08
Rnf40Q3U319 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC28,01■■■□□ 2,07
Rnf40Q3U319 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,97■■■□□ 2,07
Rnf40Q3U319 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,96■■■□□ 2,07
Rnf40Q3U319 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,96■■■□□ 2,07
Rnf40Q3U319 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC27,94■■■□□ 2,06
Rnf40Q3U319 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC27,93■■■□□ 2,06
Rnf40Q3U319 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27,92■■■□□ 2,06
Rnf40Q3U319 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,91■■■□□ 2,06
Rnf40Q3U319 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,86■■■□□ 2,05
Rnf40Q3U319 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC27,86■■■□□ 2,05
Rnf40Q3U319 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,84■■■□□ 2,05
Rnf40Q3U319 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,82■■■□□ 2,04
Rnf40Q3U319 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC27,8■■■□□ 2,04
Rnf40Q3U319 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,78■■■□□ 2,04
Rnf40Q3U319 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC27,76■■■□□ 2,03
Rnf40Q3U319 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27,75■■■□□ 2,03
Rnf40Q3U319 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC27,75■■■□□ 2,03
Rnf40Q3U319 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,74■■■□□ 2,03
Rnf40Q3U319 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC27,74■■■□□ 2,03
Rnf40Q3U319 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,73■■■□□ 2,03
Rnf40Q3U319 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC27,67■■■□□ 2,02
Rnf40Q3U319 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC27,64■■■□□ 2,01
Rnf40Q3U319 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,63■■■□□ 2,01
Rnf40Q3U319 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,62■■■□□ 2,01
Rnf40Q3U319 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC27,58■■■□□ 2,01
Rnf40Q3U319 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC27,57■■■□□ 2
Rnf40Q3U319 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,55■■■□□ 2
Rnf40Q3U319 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,55■■■□□ 2
Rnf40Q3U319 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,55■■■□□ 2
Rnf40Q3U319 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC27,55■■■□□ 2
Rnf40Q3U319 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,55■■■□□ 2
Rnf40Q3U319 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,53■■■□□ 2
Rnf40Q3U319 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,53■■■□□ 2
Rnf40Q3U319 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,53■■■□□ 2
Rnf40Q3U319 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC27,51■■□□□ 1,99
Rnf40Q3U319 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,5■■□□□ 1,99
Rnf40Q3U319 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC27,5■■□□□ 1,99
Rnf40Q3U319 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,49■■□□□ 1,99
Rnf40Q3U319 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,49■■□□□ 1,99
Rnf40Q3U319 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC27,48■■□□□ 1,99
Rnf40Q3U319 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,47■■□□□ 1,99
Rnf40Q3U319 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,47■■□□□ 1,99
Rnf40Q3U319 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC27,47■■□□□ 1,99
Rnf40Q3U319 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC27,46■■□□□ 1,99
Rnf40Q3U319 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC27,45■■□□□ 1,99
Rnf40Q3U319 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,45■■□□□ 1,99
Rnf40Q3U319 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,43■■□□□ 1,98
Rnf40Q3U319 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,43■■□□□ 1,98
Rnf40Q3U319 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,42■■□□□ 1,98
Rnf40Q3U319 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,42■■□□□ 1,98
Rnf40Q3U319 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,41■■□□□ 1,98
Rnf40Q3U319 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC27,4■■□□□ 1,98
Rnf40Q3U319 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,36■■□□□ 1,97
Rnf40Q3U319 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC27,36■■□□□ 1,97
Rnf40Q3U319 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC27,34■■□□□ 1,97
Rnf40Q3U319 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,33■■□□□ 1,97
Rnf40Q3U319 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,31■■□□□ 1,96
Rnf40Q3U319 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,31■■□□□ 1,96
Rnf40Q3U319 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,29■■□□□ 1,96
Rnf40Q3U319 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,27■■□□□ 1,96
Rnf40Q3U319 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,23■■□□□ 1,95
Rnf40Q3U319 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,21■■□□□ 1,95
Rnf40Q3U319 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,21■■□□□ 1,95
Rnf40Q3U319 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,19■■□□□ 1,94
Rnf40Q3U319 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,19■■□□□ 1,94
Rnf40Q3U319 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,19■■□□□ 1,94
Rnf40Q3U319 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC27,18■■□□□ 1,94
Rnf40Q3U319 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,18■■□□□ 1,94
Rnf40Q3U319 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,17■■□□□ 1,94
Rnf40Q3U319 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,14■■□□□ 1,94
Rnf40Q3U319 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC27,14■■□□□ 1,94
Rnf40Q3U319 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,14■■□□□ 1,94
Rnf40Q3U319 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,13■■□□□ 1,93
Rnf40Q3U319 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,12■■□□□ 1,93
Rnf40Q3U319 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27,11■■□□□ 1,93
Rnf40Q3U319 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,1■■□□□ 1,93
Rnf40Q3U319 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC27,1■■□□□ 1,93
Rnf40Q3U319 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,1■■□□□ 1,93
Rnf40Q3U319 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,09■■□□□ 1,93
Rnf40Q3U319 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27,09■■□□□ 1,93
Rnf40Q3U319 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC27,09■■□□□ 1,93
Rnf40Q3U319 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,08■■□□□ 1,93
Rnf40Q3U319 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,04■■□□□ 1,92
Rnf40Q3U319 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27,02■■□□□ 1,92
Rnf40Q3U319 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC27,02■■□□□ 1,92
Rnf40Q3U319 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,01■■□□□ 1,91
Rnf40Q3U319 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1,91
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11,4 ms