Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Nkx3-1P97436 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Nkx3-1P97436 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Nkx3-1P97436 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
Nkx3-1P97436 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Nkx3-1P97436 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Nkx3-1P97436 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Nkx3-1P97436 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Nkx3-1P97436 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Nkx3-1P97436 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
Nkx3-1P97436 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Nkx3-1P97436 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Nkx3-1P97436 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Nkx3-1P97436 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Nkx3-1P97436 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Nkx3-1P97436 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Nkx3-1P97436 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Nkx3-1P97436 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
Nkx3-1P97436 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Nkx3-1P97436 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Nkx3-1P97436 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Nkx3-1P97436 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Nkx3-1P97436 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Nkx3-1P97436 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Nkx3-1P97436 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Nkx3-1P97436 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
Nkx3-1P97436 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Nkx3-1P97436 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Nkx3-1P97436 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Nkx3-1P97436 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Nkx3-1P97436 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC23.78■■□□□ 1.4
Nkx3-1P97436 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Nkx3-1P97436 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Nkx3-1P97436 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Nkx3-1P97436 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Nkx3-1P97436 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Nkx3-1P97436 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Nkx3-1P97436 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
Nkx3-1P97436 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Nkx3-1P97436 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Nkx3-1P97436 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Nkx3-1P97436 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
Nkx3-1P97436 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Nkx3-1P97436 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Nkx3-1P97436 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Nkx3-1P97436 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Nkx3-1P97436 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Nkx3-1P97436 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Nkx3-1P97436 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Nkx3-1P97436 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Nkx3-1P97436 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Nkx3-1P97436 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Nkx3-1P97436 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Nkx3-1P97436 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Nkx3-1P97436 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Nkx3-1P97436 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
Nkx3-1P97436 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Nkx3-1P97436 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Nkx3-1P97436 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Nkx3-1P97436 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Nkx3-1P97436 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Nkx3-1P97436 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Nkx3-1P97436 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Nkx3-1P97436 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Nkx3-1P97436 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
Nkx3-1P97436 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Nkx3-1P97436 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Nkx3-1P97436 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Nkx3-1P97436 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.31
Nkx3-1P97436 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Nkx3-1P97436 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
Nkx3-1P97436 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Nkx3-1P97436 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Nkx3-1P97436 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Nkx3-1P97436 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Nkx3-1P97436 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
Nkx3-1P97436 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Nkx3-1P97436 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Nkx3-1P97436 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Nkx3-1P97436 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Nkx3-1P97436 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Nkx3-1P97436 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Nkx3-1P97436 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Nkx3-1P97436 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Nkx3-1P97436 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
Nkx3-1P97436 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Nkx3-1P97436 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Nkx3-1P97436 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Nkx3-1P97436 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Nkx3-1P97436 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
Nkx3-1P97436 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Nkx3-1P97436 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Nkx3-1P97436 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
Nkx3-1P97436 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Nkx3-1P97436 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Nkx3-1P97436 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Nkx3-1P97436 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Nkx3-1P97436 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Nkx3-1P97436 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Nkx3-1P97436 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.1 ms