Protein–RNA interactions for Protein: P11087

Col1a1, Collagen alpha-1(I) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,453 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col1a1P11087 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
Col1a1P11087 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
Col1a1P11087 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
Col1a1P11087 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
Col1a1P11087 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
Col1a1P11087 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
Col1a1P11087 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
Col1a1P11087 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
Col1a1P11087 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
Col1a1P11087 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
Col1a1P11087 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
Col1a1P11087 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
Col1a1P11087 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC33.62■■■□□ 2.97
Col1a1P11087 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
Col1a1P11087 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
Col1a1P11087 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Col1a1P11087 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC33.54■■■□□ 2.96
Col1a1P11087 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC33.54■■■□□ 2.96
Col1a1P11087 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
Col1a1P11087 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
Col1a1P11087 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
Col1a1P11087 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC33.44■■■□□ 2.94
Col1a1P11087 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC33.43■■■□□ 2.94
Col1a1P11087 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC33.43■■■□□ 2.94
Col1a1P11087 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
Col1a1P11087 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC33.38■■■□□ 2.93
Col1a1P11087 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC33.37■■■□□ 2.93
Col1a1P11087 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
Col1a1P11087 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
Col1a1P11087 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC33.34■■■□□ 2.93
Col1a1P11087 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
Col1a1P11087 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC33.3■■■□□ 2.92
Col1a1P11087 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
Col1a1P11087 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
Col1a1P11087 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
Col1a1P11087 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
Col1a1P11087 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
Col1a1P11087 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
Col1a1P11087 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
Col1a1P11087 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.11■■■□□ 2.89
Col1a1P11087 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
Col1a1P11087 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
Col1a1P11087 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
Col1a1P11087 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC33.07■■■□□ 2.88
Col1a1P11087 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
Col1a1P11087 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC33.04■■■□□ 2.88
Col1a1P11087 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
Col1a1P11087 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
Col1a1P11087 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
Col1a1P11087 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
Col1a1P11087 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC32.94■■■□□ 2.86
Col1a1P11087 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC32.94■■■□□ 2.86
Col1a1P11087 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
Col1a1P11087 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
Col1a1P11087 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
Col1a1P11087 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
Col1a1P11087 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
Col1a1P11087 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
Col1a1P11087 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
Col1a1P11087 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Col1a1P11087 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC32.79■■■□□ 2.84
Col1a1P11087 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Col1a1P11087 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC32.71■■■□□ 2.83
Col1a1P11087 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.82
Col1a1P11087 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
Col1a1P11087 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
Col1a1P11087 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
Col1a1P11087 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
Col1a1P11087 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
Col1a1P11087 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
Col1a1P11087 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.54■■■□□ 2.8
Col1a1P11087 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC32.54■■■□□ 2.8
Col1a1P11087 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC32.53■■■□□ 2.8
Col1a1P11087 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
Col1a1P11087 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
Col1a1P11087 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
Col1a1P11087 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.47■■■□□ 2.79
Col1a1P11087 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
Col1a1P11087 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
Col1a1P11087 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
Col1a1P11087 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
Col1a1P11087 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC32.42■■■□□ 2.78
Col1a1P11087 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Col1a1P11087 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC32.41■■■□□ 2.78
Col1a1P11087 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
Col1a1P11087 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
Col1a1P11087 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC32.39■■■□□ 2.78
Col1a1P11087 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC32.35■■■□□ 2.77
Col1a1P11087 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
Col1a1P11087 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
Col1a1P11087 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC32.34■■■□□ 2.77
Col1a1P11087 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC32.33■■■□□ 2.77
Col1a1P11087 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
Col1a1P11087 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC32.31■■■□□ 2.76
Col1a1P11087 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
Col1a1P11087 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
Col1a1P11087 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC32.29■■■□□ 2.76
Col1a1P11087 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
Col1a1P11087 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
Col1a1P11087 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.24■■■□□ 2.75
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 963.5 ms