Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC34,52■■■■□ 3,12
Col3a1P08121 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC34,45■■■■□ 3,1
Col3a1P08121 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC34,44■■■■□ 3,1
Col3a1P08121 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,42■■■■□ 3,1
Col3a1P08121 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34,39■■■■□ 3,1
Col3a1P08121 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34,39■■■■□ 3,1
Col3a1P08121 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34,38■■■■□ 3,09
Col3a1P08121 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC34,33■■■■□ 3,09
Col3a1P08121 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC34,27■■■■□ 3,08
Col3a1P08121 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,21■■■■□ 3,07
Col3a1P08121 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,2■■■■□ 3,06
Col3a1P08121 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,11■■■■□ 3,05
Col3a1P08121 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC34,09■■■■□ 3,05
Col3a1P08121 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,09■■■■□ 3,05
Col3a1P08121 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC34,08■■■■□ 3,05
Col3a1P08121 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,06■■■■□ 3,04
Col3a1P08121 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,05■■■■□ 3,04
Col3a1P08121 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC33,92■■■■□ 3,02
Col3a1P08121 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33,9■■■■□ 3,02
Col3a1P08121 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,88■■■■□ 3,01
Col3a1P08121 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33,87■■■■□ 3,01
Col3a1P08121 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC33,84■■■■□ 3,01
Col3a1P08121 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC33,83■■■■□ 3,01
Col3a1P08121 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,83■■■■□ 3,01
Col3a1P08121 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,83■■■■□ 3,01
Col3a1P08121 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC33,78■■■■□ 3
Col3a1P08121 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,74■■■□□ 2,99
Col3a1P08121 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,74■■■□□ 2,99
Col3a1P08121 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,72■■■□□ 2,99
Col3a1P08121 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC33,69■■■□□ 2,98
Col3a1P08121 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,67■■■□□ 2,98
Col3a1P08121 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33,66■■■□□ 2,98
Col3a1P08121 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33,63■■■□□ 2,97
Col3a1P08121 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC33,57■■■□□ 2,97
Col3a1P08121 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC33,56■■■□□ 2,96
Col3a1P08121 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC33,55■■■□□ 2,96
Col3a1P08121 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,53■■■□□ 2,96
Col3a1P08121 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC33,52■■■□□ 2,96
Col3a1P08121 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,5■■■□□ 2,95
Col3a1P08121 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,5■■■□□ 2,95
Col3a1P08121 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC33,46■■■□□ 2,95
Col3a1P08121 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC33,43■■■□□ 2,94
Col3a1P08121 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC33,43■■■□□ 2,94
Col3a1P08121 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33,41■■■□□ 2,94
Col3a1P08121 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC33,38■■■□□ 2,93
Col3a1P08121 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,37■■■□□ 2,93
Col3a1P08121 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC33,36■■■□□ 2,93
Col3a1P08121 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC33,36■■■□□ 2,93
Col3a1P08121 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC33,34■■■□□ 2,93
Col3a1P08121 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC33,3■■■□□ 2,92
Col3a1P08121 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,29■■■□□ 2,92
Col3a1P08121 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC33,21■■■□□ 2,91
Col3a1P08121 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33,15■■■□□ 2,9
Col3a1P08121 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,14■■■□□ 2,9
Col3a1P08121 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC33,11■■■□□ 2,89
Col3a1P08121 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33,1■■■□□ 2,89
Col3a1P08121 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,1■■■□□ 2,89
Col3a1P08121 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC33,08■■■□□ 2,89
Col3a1P08121 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,06■■■□□ 2,88
Col3a1P08121 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC33,04■■■□□ 2,88
Col3a1P08121 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,02■■■□□ 2,88
Col3a1P08121 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,02■■■□□ 2,88
Col3a1P08121 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC33,01■■■□□ 2,87
Col3a1P08121 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,01■■■□□ 2,87
Col3a1P08121 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC32,93■■■□□ 2,86
Col3a1P08121 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32,93■■■□□ 2,86
Col3a1P08121 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,92■■■□□ 2,86
Col3a1P08121 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC32,87■■■□□ 2,85
Col3a1P08121 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,86■■■□□ 2,85
Col3a1P08121 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC32,86■■■□□ 2,85
Col3a1P08121 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC32,85■■■□□ 2,85
Col3a1P08121 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC32,83■■■□□ 2,85
Col3a1P08121 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32,82■■■□□ 2,84
Col3a1P08121 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC32,8■■■□□ 2,84
Col3a1P08121 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC32,79■■■□□ 2,84
Col3a1P08121 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,78■■■□□ 2,84
Col3a1P08121 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32,78■■■□□ 2,84
Col3a1P08121 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,78■■■□□ 2,84
Col3a1P08121 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32,73■■■□□ 2,83
Col3a1P08121 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC32,73■■■□□ 2,83
Col3a1P08121 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC32,72■■■□□ 2,83
Col3a1P08121 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,68■■■□□ 2,82
Col3a1P08121 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC32,65■■■□□ 2,82
Col3a1P08121 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32,65■■■□□ 2,82
Col3a1P08121 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32,65■■■□□ 2,82
Col3a1P08121 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC32,63■■■□□ 2,81
Col3a1P08121 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC32,63■■■□□ 2,81
Col3a1P08121 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32,62■■■□□ 2,81
Col3a1P08121 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,6■■■□□ 2,81
Col3a1P08121 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,59■■■□□ 2,81
Col3a1P08121 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC32,56■■■□□ 2,8
Col3a1P08121 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC32,55■■■□□ 2,8
Col3a1P08121 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC32,54■■■□□ 2,8
Col3a1P08121 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC32,54■■■□□ 2,8
Col3a1P08121 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32,53■■■□□ 2,8
Col3a1P08121 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC32,51■■■□□ 2,79
Col3a1P08121 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC32,5■■■□□ 2,79
Col3a1P08121 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32,5■■■□□ 2,79
Col3a1P08121 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC32,46■■■□□ 2,79
Col3a1P08121 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC32,45■■■□□ 2,78
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38,1 ms