Protein–RNA interactions for Protein: O88207

Col5a1, Collagen alpha-1(V) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col5a1O88207 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Col5a1O88207 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
Col5a1O88207 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
Col5a1O88207 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
Col5a1O88207 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Col5a1O88207 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Col5a1O88207 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
Col5a1O88207 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
Col5a1O88207 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
Col5a1O88207 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
Col5a1O88207 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
Col5a1O88207 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
Col5a1O88207 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
Col5a1O88207 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Col5a1O88207 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
Col5a1O88207 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Col5a1O88207 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Col5a1O88207 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Col5a1O88207 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col5a1O88207 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col5a1O88207 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
Col5a1O88207 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Col5a1O88207 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
Col5a1O88207 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Col5a1O88207 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col5a1O88207 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Col5a1O88207 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Col5a1O88207 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Col5a1O88207 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
Col5a1O88207 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Col5a1O88207 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
Col5a1O88207 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Col5a1O88207 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Col5a1O88207 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Col5a1O88207 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Col5a1O88207 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Col5a1O88207 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Col5a1O88207 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Col5a1O88207 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Col5a1O88207 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Col5a1O88207 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Col5a1O88207 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Col5a1O88207 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
Col5a1O88207 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Col5a1O88207 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Col5a1O88207 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col5a1O88207 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Col5a1O88207 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Col5a1O88207 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col5a1O88207 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col5a1O88207 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Col5a1O88207 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col5a1O88207 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col5a1O88207 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col5a1O88207 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col5a1O88207 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Col5a1O88207 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Col5a1O88207 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Col5a1O88207 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Col5a1O88207 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col5a1O88207 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col5a1O88207 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Col5a1O88207 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Col5a1O88207 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
Col5a1O88207 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col5a1O88207 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col5a1O88207 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
Col5a1O88207 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Col5a1O88207 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
Col5a1O88207 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Col5a1O88207 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Col5a1O88207 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
Col5a1O88207 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Col5a1O88207 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Col5a1O88207 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Col5a1O88207 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
Col5a1O88207 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col5a1O88207 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col5a1O88207 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
Col5a1O88207 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col5a1O88207 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col5a1O88207 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
Col5a1O88207 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col5a1O88207 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col5a1O88207 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Col5a1O88207 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Col5a1O88207 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col5a1O88207 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
Col5a1O88207 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col5a1O88207 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Col5a1O88207 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Col5a1O88207 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Col5a1O88207 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Col5a1O88207 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
Col5a1O88207 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
Col5a1O88207 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Col5a1O88207 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col5a1O88207 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col5a1O88207 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
Col5a1O88207 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.5 ms