Protein–RNA interactions for Protein: O88207

Col5a1, Collagen alpha-1(V) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col5a1O88207 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC36.26■■■■□ 3.39
Col5a1O88207 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
Col5a1O88207 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Col5a1O88207 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC31.84■■■□□ 2.69
Col5a1O88207 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC31.08■■■□□ 2.57
Col5a1O88207 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
Col5a1O88207 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
Col5a1O88207 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
Col5a1O88207 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC30.52■■■□□ 2.48
Col5a1O88207 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
Col5a1O88207 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
Col5a1O88207 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
Col5a1O88207 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
Col5a1O88207 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Col5a1O88207 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Col5a1O88207 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Col5a1O88207 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Col5a1O88207 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
Col5a1O88207 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
Col5a1O88207 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Col5a1O88207 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Col5a1O88207 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col5a1O88207 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
Col5a1O88207 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Col5a1O88207 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC28.61■■■□□ 2.17
Col5a1O88207 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Col5a1O88207 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
Col5a1O88207 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col5a1O88207 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col5a1O88207 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col5a1O88207 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col5a1O88207 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
Col5a1O88207 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col5a1O88207 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Col5a1O88207 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Col5a1O88207 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
Col5a1O88207 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Col5a1O88207 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Col5a1O88207 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
Col5a1O88207 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Col5a1O88207 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col5a1O88207 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col5a1O88207 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col5a1O88207 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Col5a1O88207 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col5a1O88207 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC27.55■■■□□ 2
Col5a1O88207 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
Col5a1O88207 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Col5a1O88207 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Col5a1O88207 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
Col5a1O88207 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Col5a1O88207 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Col5a1O88207 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Col5a1O88207 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
Col5a1O88207 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Col5a1O88207 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Col5a1O88207 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Col5a1O88207 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Col5a1O88207 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Col5a1O88207 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Col5a1O88207 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
Col5a1O88207 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
Col5a1O88207 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
Col5a1O88207 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Col5a1O88207 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Col5a1O88207 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Col5a1O88207 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
Col5a1O88207 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Col5a1O88207 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
Col5a1O88207 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Col5a1O88207 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Col5a1O88207 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
Col5a1O88207 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
Col5a1O88207 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Col5a1O88207 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
Col5a1O88207 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Col5a1O88207 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Col5a1O88207 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Col5a1O88207 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Col5a1O88207 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Col5a1O88207 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Col5a1O88207 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
Col5a1O88207 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
Col5a1O88207 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
Col5a1O88207 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Col5a1O88207 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
Col5a1O88207 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Col5a1O88207 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Col5a1O88207 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Col5a1O88207 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col5a1O88207 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col5a1O88207 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Col5a1O88207 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Col5a1O88207 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Col5a1O88207 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Col5a1O88207 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Col5a1O88207 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Col5a1O88207 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Col5a1O88207 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
Col5a1O88207 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 90.7 ms