Protein–RNA interactions for Protein: O88207

Col5a1, Collagen alpha-1(V) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col5a1O88207 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC36,26■■■■□ 3,39
Col5a1O88207 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC33,97■■■■□ 3,03
Col5a1O88207 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,14■■■□□ 2,9
Col5a1O88207 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC31,84■■■□□ 2,69
Col5a1O88207 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC31,08■■■□□ 2,57
Col5a1O88207 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30,68■■■□□ 2,5
Col5a1O88207 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,66■■■□□ 2,5
Col5a1O88207 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC30,57■■■□□ 2,48
Col5a1O88207 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC30,52■■■□□ 2,48
Col5a1O88207 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,4■■■□□ 2,46
Col5a1O88207 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,32■■■□□ 2,44
Col5a1O88207 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC30,13■■■□□ 2,41
Col5a1O88207 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC29,91■■■□□ 2,38
Col5a1O88207 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,6■■■□□ 2,33
Col5a1O88207 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29,59■■■□□ 2,33
Col5a1O88207 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,55■■■□□ 2,32
Col5a1O88207 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,54■■■□□ 2,32
Col5a1O88207 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC29,52■■■□□ 2,32
Col5a1O88207 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29,33■■■□□ 2,29
Col5a1O88207 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2,23
Col5a1O88207 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,9■■■□□ 2,22
Col5a1O88207 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC28,85■■■□□ 2,21
Col5a1O88207 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC28,83■■■□□ 2,21
Col5a1O88207 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,8■■■□□ 2,2
Col5a1O88207 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC28,61■■■□□ 2,17
Col5a1O88207 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,51■■■□□ 2,15
Col5a1O88207 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC28,43■■■□□ 2,14
Col5a1O88207 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,42■■■□□ 2,14
Col5a1O88207 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC28,26■■■□□ 2,11
Col5a1O88207 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28,24■■■□□ 2,11
Col5a1O88207 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,23■■■□□ 2,11
Col5a1O88207 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC28,12■■■□□ 2,09
Col5a1O88207 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28,11■■■□□ 2,09
Col5a1O88207 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,04■■■□□ 2,08
Col5a1O88207 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28,02■■■□□ 2,08
Col5a1O88207 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC27,99■■■□□ 2,07
Col5a1O88207 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,96■■■□□ 2,07
Col5a1O88207 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,9■■■□□ 2,06
Col5a1O88207 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC27,84■■■□□ 2,05
Col5a1O88207 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,81■■■□□ 2,04
Col5a1O88207 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC27,73■■■□□ 2,03
Col5a1O88207 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC27,65■■■□□ 2,02
Col5a1O88207 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27,65■■■□□ 2,02
Col5a1O88207 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,62■■■□□ 2,01
Col5a1O88207 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC27,58■■■□□ 2,01
Col5a1O88207 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC27,55■■■□□ 2
Col5a1O88207 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC27,47■■□□□ 1,99
Col5a1O88207 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,43■■□□□ 1,98
Col5a1O88207 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC27,38■■□□□ 1,97
Col5a1O88207 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC27,36■■□□□ 1,97
Col5a1O88207 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC27,33■■□□□ 1,97
Col5a1O88207 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,29■■□□□ 1,96
Col5a1O88207 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,22■■□□□ 1,95
Col5a1O88207 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC27,17■■□□□ 1,94
Col5a1O88207 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,16■■□□□ 1,94
Col5a1O88207 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC27,16■■□□□ 1,94
Col5a1O88207 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,1■■□□□ 1,93
Col5a1O88207 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,05■■□□□ 1,92
Col5a1O88207 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,04■■□□□ 1,92
Col5a1O88207 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,04■■□□□ 1,92
Col5a1O88207 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC26,98■■□□□ 1,91
Col5a1O88207 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC26,95■■□□□ 1,91
Col5a1O88207 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC26,95■■□□□ 1,91
Col5a1O88207 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26,93■■□□□ 1,9
Col5a1O88207 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,85■■□□□ 1,89
Col5a1O88207 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC26,84■■□□□ 1,89
Col5a1O88207 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC26,81■■□□□ 1,88
Col5a1O88207 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC26,78■■□□□ 1,88
Col5a1O88207 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC26,73■■□□□ 1,87
Col5a1O88207 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,68■■□□□ 1,86
Col5a1O88207 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,68■■□□□ 1,86
Col5a1O88207 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC26,63■■□□□ 1,85
Col5a1O88207 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,63■■□□□ 1,85
Col5a1O88207 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,58■■□□□ 1,85
Col5a1O88207 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC26,52■■□□□ 1,84
Col5a1O88207 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,49■■□□□ 1,83
Col5a1O88207 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC26,48■■□□□ 1,83
Col5a1O88207 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC26,47■■□□□ 1,83
Col5a1O88207 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,46■■□□□ 1,83
Col5a1O88207 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC26,42■■□□□ 1,82
Col5a1O88207 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26,36■■□□□ 1,81
Col5a1O88207 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26,32■■□□□ 1,8
Col5a1O88207 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,32■■□□□ 1,8
Col5a1O88207 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC26,32■■□□□ 1,8
Col5a1O88207 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,3■■□□□ 1,8
Col5a1O88207 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC26,3■■□□□ 1,8
Col5a1O88207 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,26■■□□□ 1,79
Col5a1O88207 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,26■■□□□ 1,79
Col5a1O88207 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,25■■□□□ 1,79
Col5a1O88207 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,21■■□□□ 1,79
Col5a1O88207 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,21■■□□□ 1,79
Col5a1O88207 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,13■■□□□ 1,77
Col5a1O88207 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,12■■□□□ 1,77
Col5a1O88207 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,11■■□□□ 1,77
Col5a1O88207 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,09■■□□□ 1,77
Col5a1O88207 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC26,05■■□□□ 1,76
Col5a1O88207 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,05■■□□□ 1,76
Col5a1O88207 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26,03■■□□□ 1,76
Col5a1O88207 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1,75
Col5a1O88207 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1,75
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11,4 ms