Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 EIF4G1-206ENST00000392537 5229 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LRRC30-201ENST00000383467 923 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CSNK1A1L-201ENST00000379800 2406 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PPM1F-203ENST00000407142 5587 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 UHMK1-202ENST00000489294 8478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 KIAA2026-201ENST00000381461 6884 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 KIF21A-202ENST00000361961 6601 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 FAM122A-201ENST00000394264 4575 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CPD-201ENST00000225719 9394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PARD3B-204ENST00000406610 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SDK1-210ENST00000615806 10258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.6 ms