Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 ACTBP8-201ENST00000403258 1108 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 TMEM107-204ENST00000437139 747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 ARL2-204ENST00000529384 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AC100858.3-202ENST00000533496 553 ntTSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 ACKR1-201ENST00000368121 1240 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AC025279.2-201ENST00000569730 653 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 CFLAR-203ENST00000341222 1283 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL162742.1-201ENST00000434792 954 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 LINC02205-201ENST00000559752 239 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 TUBB3-206ENST00000554444 1978 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TCOF1Q13428 CNN2P8-201ENST00000421872 913 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
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