Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 MIR6799-201ENST00000620297 69 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SPTLC2-201ENST00000216484 8170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ASCC3-207ENST00000522650 2828 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 NGF-201ENST00000369512 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
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CHD3Q12873 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.2
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CHD3Q12873 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
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