Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Length 179 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HDDC3Q8N4P3 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 NOP2-211ENST00000540228 668 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HDDC3Q8N4P3 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
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