Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 HIST1H2AH-201ENST00000377459 387 ntAPPRIS P1 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 LAMA5-AS1-203ENST00000478167 690 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC125603.2-201ENST00000546835 876 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AL121944.1-201ENST00000605945 686 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 HILPDA-201ENST00000257696 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AGER-203ENST00000375065 665 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC16.14■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC16.14■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 CRISPLD2-210ENST00000569090 808 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 Z84492.1-201ENST00000606589 408 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC005695.3-201ENST00000614522 232 ntBASIC16.14■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 RHOXF1P1-202ENST00000635473 501 ntBASIC16.14■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 ZSCAN32-204ENST00000422427 1267 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 YBX1P6-201ENST00000442962 1002 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PGAP2-209ENST00000464261 830 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 BTNL8-205ENST00000505126 1294 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 THAP4-206ENST00000612200 969 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PQBP1-201ENST00000218224 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PQBP1-202ENST00000247140 664 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PQBP1-203ENST00000376563 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PQBP1-204ENST00000376566 760 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PQBP1-205ENST00000396763 965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms