Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Gm13238-201ENSMUST00000117655 780 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 Tmem150a-201ENSMUST00000069695 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 Dok6-201ENSMUST00000097495 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 Eml4-201ENSMUST00000049503 5109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 Mrpl48-207ENSMUST00000146003 1625 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 Jtb-201ENSMUST00000029546 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 Stmn4-204ENSMUST00000121955 1361 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 Lgals3-201ENSMUST00000142734 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 Wipi1-203ENSMUST00000106689 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
Upf3bQ3ULL6 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Pdss1-207ENSMUST00000152170 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Plpp1-201ENSMUST00000016144 1598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 AW121686-201ENSMUST00000181049 2200 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Rmdn2-208ENSMUST00000225357 2118 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Eef1a2-201ENSMUST00000055990 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Dynll1-201ENSMUST00000009157 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Git2-214ENSMUST00000155908 2338 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Nkx2-5-201ENSMUST00000015723 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Atp5j-202ENSMUST00000114191 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Gm27253-201ENSMUST00000183670 367 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 4833418N17Rik-201ENSMUST00000064826 615 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 2010300C02Rik-203ENSMUST00000162875 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Tmem192-203ENSMUST00000209852 1193 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Ispd-204ENSMUST00000221452 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Tinagl1-203ENSMUST00000105999 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Upf3bQ3ULL6 Tmem120b-201ENSMUST00000067505 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Mecp2-201ENSMUST00000033770 1739 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Gm28536-201ENSMUST00000190971 1317 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Actr5-201ENSMUST00000045644 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 AC153962.1-201ENSMUST00000218530 1948 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Stk19-201ENSMUST00000077477 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Emc6-201ENSMUST00000054952 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Sh3rf3-202ENSMUST00000135526 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Arglu1-201ENSMUST00000048545 3197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Ccdc84-212ENSMUST00000217351 888 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Sac3d1-201ENSMUST00000113533 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Hs6st3-201ENSMUST00000065904 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Upf3bQ3ULL6 Fgf8-206ENSMUST00000111928 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Tmem147-203ENSMUST00000207296 875 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Btbd6-206ENSMUST00000222209 644 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Shisa5-201ENSMUST00000026737 1834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Dcun1d5-202ENSMUST00000215683 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Snrnp40-201ENSMUST00000105994 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Ube2k-204ENSMUST00000201292 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Rtl10-201ENSMUST00000146673 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Tfpt-204ENSMUST00000155592 1091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Zfand2b-204ENSMUST00000160439 1206 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27 ms