Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AL139099.5-201ENST00000635274 300 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MAP2K6-209ENST00000613873 1509 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AL118558.1-202ENST00000557242 451 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 RHD-204ENST00000417538 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 LINC02109-201ENST00000565798 869 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 OLR1-203ENST00000432556 950 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MIR3615-201ENST00000581999 87 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 97 ms