Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 IKZF1-217ENST00000612658 962 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC008687.7-202ENST00000637404 953 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 LINC00593-202ENST00000560853 1483 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AP003392.4-202ENST00000526453 1359 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 GTF2A2-204ENST00000396063 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AL021546.1-201ENST00000551806 552 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AL021578.1-201ENST00000613646 709 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 RHOXF1P1-202ENST00000635473 501 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TEX264-205ENST00000416589 1313 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 SNHG11-212ENST00000449351 954 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC007333.1-201ENST00000568286 630 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 IRF3-223ENST00000599223 1055 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AATBC-203ENST00000448247 1889 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms