Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 EIF4G1-216ENST00000427845 5038 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PCDHA4-203ENST00000530339 5251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 LZTS1-202ENST00000381569 5706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TTC28-AS1-219ENST00000454741 5064 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 HNRNPA0-201ENST00000314940 8726 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 LOH12CR2-201ENST00000381800 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC16.39■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 EIF4G1-206ENST00000392537 5229 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CAMK1D-204ENST00000619168 8153 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms