Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CROCCP4-201ENST00000457096 498 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ANKRD19P-201ENST00000338192 862 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TPD52L1-214ENST00000534199 811 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 MIR6775-201ENST00000617557 69 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 MIR6799-201ENST00000620297 69 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 GPR148-201ENST00000309926 1267 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms