Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.7 ms