Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX3Q9UBR4 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms