Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
HDAC4P56524 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HDAC4P56524 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HDAC4P56524 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HDAC4P56524 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HDAC4P56524 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HDAC4P56524 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms