Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP39Q53GS9 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.2 ms